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南京中山植物园南园是新园区，于1999年起开始建设，按照景观侧重点分为11个区域：热带植物宫、禾草园、盲人植物园、红枫岗景区、盆景园、蔷薇园、药物园、松柏园、树木园、植物分类系统园、自然小径-南京中山植物园自然教育区 ，收集活植物共3000余种。这11个区域均以展示植物景观为主，兼顾科学普及和休闲游览的功能，南园于2007年国庆对外开放，命名为“江苏省中国科学院植物研究所植物博览园”。 名称简介热带植物宫热带植物宫位于前湖西北部，面积10000平方米，其外型似三片晶莹的绿叶从前湖升起，立在紫金山下。
热带植物宫分为3大展区，搜集珍奇植物2000余种，展出主题是“植物奇观”和“植物与人类”。
第一区为热带花果区，展示了与人类生活有密切关系的热带果树、热带经济植物和热带花卉。第二区为热带雨林植物区，游客在这里可看到“绞杀”、“独木成林”、“板根”、“老茎开花、老茎结果”、“藤树网缠”和“空中花园”等热带雨林中独有的奇特景观。第三区为干旱、半干旱热带植物区，其中有全国最大的肉质块根植物睡布袋，有号称“沙漠水塔”的澳洲特有植物瓶干树，有原产南非的珍稀植物龟甲龙和“拟态植物”生石花、肉锥花等。在这里游客可观赏到来自世界各地的奇花异卉和不同气候带与生态区域的植物景观。
热带植物宫不仅是植物资源研究实验中心，也是青少年科普教育的重要基地和市民游览休闲的景点。禾草园禾草园位于南京中山植物园南园东侧三角地位于新的主入口东侧，占地20000平方米，收集禾本科100余属400余种植物。分为四个区域：种质资源圃、华东乡土植物展示区、植物功能展示区、景观展示区。依照现有地形和禾本科的演化过程，依次种植竹亚科、稻亚科等8个亚科的主要代表种类，形象展示了禾本科的系统演化进程。该园配植有大树和花灌木，是植物园禾草研究成果的展示基地和青少年的科普基地。
禾草园分为矮墙小院区、草坪休闲区和品种展示区三个主要部分。
1、矮墙小院区 。南园主入口处有一组由石砌矮墙与绿篱围合而成的小院落，其间并有木板平台与水池等，各种观赏草和地被植物以矮墙为背景、以花镜的形式布置在院中。
2、草坪休闲区。位于禾草园的中部区域，盲人植物园东侧。以大面积较为完整的草坪和树姿优美的散置的乔木形成宁静、安逸的疏林草地景观。大草坪周围安排较为密集的乔、灌、草立体配置树丛及花镜。
3、品种展示区 。禾草园的北部，集中展示国内外禾草植物100余种，以自然弯曲的小径把展示区分为若干小区，把草坪、牧草、经济作物等不同种类的禾草植物分门别类予以安排，同时兼顾观赏性及科学性。 盆景园盆景园占地面积6000平方米。该园利用植物园植物资源丰富，古桩、怪石众多之优势，将自然美与人工美融为一体。园内收集树桩、水石、水旱、花果和微型盆景等精品500余盆。 蔷薇园蔷薇园始建于1982年，1985年竣工，位于植物园南门右侧，以收集月季为主，还种植了蔷薇科其他植物及一些著名的观花植物，如梅花、玉兰、迎春、月季、蔷薇、杜鹃、山茶、牡丹、芍药等。
在春夏季，各种花卉争妍斗艳，园中还筑有220平方米的水池和90 平方米的回廊式棚架，池中种植了王莲、睡莲和黄菖蒲等水生观赏植物。 药物园药物园占地面积20000平方米，收集药用植物700余种，隶属131科429属。
荟萃了原产中国的特产中草药小檗、喜树、七叶树、盾叶薯蓣、七叶一枝花、黄连等。
园内按药用部位及生态习性分为根及根茎药区、花果及种子药区、茎叶全草药区、藤本药区和阴性药区，为纪念中国明朝本草学家李时珍，1983年在园中建立了一座民族风格的建筑物，名为时珍馆。 松柏园松柏园占地70000平方米，收集了保存国内外松科、杉科、柏科等针叶树119种。园中收集的松柏类植物丰富，有该园选育的中山柏、铅笔柏、成片的水杉、池杉和落羽杉。
松柏园三面环山，林木密集，环境幽静，空气清新，并伴有鸟虫、溪水，是适合进行健身锻炼、森林浴的活动场所。 树木园树木园占地10万余平方米，是中北亚热带树木引种驯化的科研基地，保存华东地区露地生长的乔灌木树种340种，主要有壳斗科、樟科、冬青科、木兰科和槭树科等落叶和常绿阔叶树。 另外，还有珍稀濒危树种标本区，保存种类约50余种，如宝华木兰、银鹊树、秤锤树、伯乐树、香果树等。 分类系统园分类系统园即植物分类系统园，占地面积60000平方米，选择种植了华东地区可露地生长的种子植物300多种，隶属85科204属，依循Bessey分类系统，按照生态条件和园林布局种植， 是学生们了解植物分类和进化的活标本园，更是大专院校相关专业学生实习的基地，园中的代表性植物有香榧、金钱松、铁杉、中国鹅掌楸、红豆树、日本木兰、夏蜡梅等。2009年以来，该园都在春季举办欧洲花卉展，数十万株郁金香、风信子、洋水仙等名花佳卉。 自然小径自然小径是1999年6月新开放的景点，是自然教育小区的简称，是该园与英国合作建立的，位于南京中山植物园西北部紫金山南坡，占地15万-20万平方米，是一个拥有多种生态环境的自然区域。
小区中有一条自然小径贯穿始终，其中设置了十个点，并根据需要设立了一些必要的设施。来访者在这里可以认识一些特色植物，观察鸟类和昆虫，在教师和导游的指导下，捕捞小昆虫，采集少量动植物标本，做游戏，在此过程中了解一些生态学的基本原理，学习一些有关知识。
自然小径特色在于景观富于自然情趣，很少人工干扰，并且为公众，尤其是中小学生提供了一个充分接触和感受大自然，在自然环境中开展环境与生态知识教育的场所，帮助他们更好地认识和学习自然，进一步激发其对大自然的热爱以及更有效地培养他们的环保意识。 盲人植物园南京中山植物园内的盲人植物园是截至2009年5月，中国最大的盲人植物园，由南京中山植物园在南京爱德基金会、日本东京绿化中国基金会、省科委及华飞公司支持资助下兴建，于1998年5月建成免费开放。
盲人植物园占地1公顷，园内种植的植物以及设施都充分考虑到盲人的需要。种植了一些无毒，无刺，具有香气，叶形奇特的植物，充分调动盲人的嗅觉、触觉等感官。
园中部分植物还设置了语音提示系统，揿动按钮，就可以听到一段关于该植物的讲解录音 。 红枫岗景区红枫岗景区占地面积近30000平方米，遍植了20多种槭树科的红叶树如鸡爪槭、三角枫、建始槭、天目槭、羽毛枫，以及枫香、乌桕、盐肤木、黄连木、杜英、紫薇、榆树、榉树、山胡椒等各类色叶树。 科普示范园科普示范园即青少年科普示范园，建成于2001年，位于南京中山植物园中水库西北，占地55500平方米。
该园系专门为青少年设计和建立的专类园。其重要内容之一是展示中小学生生物课本中涉及的重点科属植物、其它代表性植物及有关知识点，为学校师生提供一定的实践场所和动手机会，让学生更深入了解和掌握课堂中所学的生物知识，该园是青少年学习生物学及相关学科的园地，也是公众及生物爱好者深入了解植物的示范园，该园分为苔藓蕨类植物区、裸子植物区、农作物区、观赏植物区、药用植物区、果木区、藤本区等区域。
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