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截止到2012年，仙湖植物园共保存植物约8000种，建有苏铁保存中心、木兰园、珍稀树木园、棕榈园、竹区、荫生植物区、沙漠植物区、百果园、水生植物园、桃花园、裸子植物区、盆景园等21个植物专类园。
全园分为天上人间景区、湖区、庙区、沙漠植物区、化石森林景区和松柏杜鹃景区等六大景区。建有别有洞天、两宜亭、玉带桥、龙尊塔、听涛阁、揽胜亭、蝶谷幽兰等十几处园林景点，并建有独具特色的古生物博物馆。 木兰园 木兰园于1991年开始建园，坐落在天上人间景区内，东至天上人间天池登山道左侧，西至两宜亭沿公路以上的山体，防火线以下的山体，占地大约200余亩，引进木兰科11属130多种，定植25000余株，分别来自广东、广西、云南湖南、贵州、海南、福建、浙江、江西、四川等地，其中有国家保护的珍稀濒危植物近20多种，如华盖木、长蕊木兰，凹叶厚朴、天女花、红花木莲、大叶木莲、观光木、云南拟单性木兰等等，并从西安植物园、浙江嵊州木兰研究所引进杂交木兰品种50余种，其中有常春二乔玉兰、红运玉兰、丹馨玉兰。美丽紫玉兰、多瓣玉兰、贝蒂玉兰，包括了中国培育较成功的红笑星玉兰，红寿星玉兰等种类。 木兰园区域大概分为四大片区，分为木兰属区、木莲属区、含笑属区、杂交苗木属区等。 化石森林 化石森林景区由四部分组成：化石森林、深圳古生物博物馆、香港回归纪念林、桃花园。化石森林从1997年开始筹建，占地2万平方米，收集引进了来自辽宁、新疆和内蒙古等地的硅化木500多株。这些硅化木经专家鉴定属松杉类植物，形成于一亿五千万年至七千万年的中生代时期。那时正是球果类植物演化史中最鼎盛的时期，高大的树木由于激烈的地壳运动而被埋在地层之下，经过硅化作用形成了化石。迄今，这是世界上唯一一座大型迁地保存的化石森林。古生物博物馆利用化石、、多媒体技术等材料以一种系统完整和易于理解的方式解释了地球上生命的历史。 荫生植物区 荫生植物区面积4万平方米,集中栽培了蕨类、景天科、秋海棠科、爵床科、大戟科、天南星科、百合科、竹芋科、凤梨科和兰科1000多种喜荫植物。这里的兰花有100多钟，如：跳舞兰、蝴蝶兰、万代兰、卡特兰、石斛兰、大花蕙兰、墨兰等。也有松叶蕨，形态奇特的鹿角蕨。国家一级保护植物金花茶，天南星科的蔓绿绒，花叶万年青等一些种类。该区是中小学生和广大市民学习植物科学知识，体会“生物多样性”的重要场所。 苏铁保存中心 苏铁类植物是一群起源古老和残遗的裸子植物。苏铁的研究可为古气候、古地理和植物区系演变的研究提供依据。苏铁是重要的园林观赏植物，有重要的经济价值。深圳市仙湖植物园自1988始收集苏铁类植物，1994年始建起苏铁园，2002年12月18日正式挂牌成立“国家苏铁种质资源保护中心”。该中心面积达3万多平米，建有喷泉、万年亭等景点，并拥有苏铁活体材料保存区、苏铁园、古苏铁林、苏铁盆景园、苏铁繁殖温室和苗圃等多个版块。至今，该中心已经收集了澳大利亚、美国、越南、荷兰、墨西哥、日本、俄罗斯以及中国的广西、广东、福建、海南、云南、四川等地苏铁类植物共计3科10属240余种。经过多年的建设和发展，苏铁迁地保存中心已经成为一个集科研科普、迁地保存、旅游及生产于一体的多功能的国际苏铁迁地保育中心。 棕榈园 棕榈园始建于1986年，位于仙湖之东岸，占地约3万平方米，园区濒邻仙湖，以1万多平方米的草坪为中心区，也是整个植物园中心。自建园以来，先后多次从华南植物园、厦门植物园、西双版纳植物园、广西桂林植物园、广州芳村、花都等地以及中山、海南、昆明进行引种，并通过种子交换方式从美国、德国以及中国台湾等地获取不少种子。自开始引种至今，仙湖植物园共收集原产热带亚洲、美洲、大洋洲、非洲、太平洋岛屿及中国的棕榈科植物约60属150种，基本建成了具有一定规模和特色的棕榈专类园。仙湖植物园所收集的棕榈植物中，除较常见的大王椰、假槟榔、散尾葵、棕榈、蒲葵、三药槟榔等外，还有许多树形奇特、观赏性极高的种类，如酒瓶椰、棍棒椰、三角椰子、红三角椰子、贝叶棕、红脉葵、霸王棕、狐尾椰子、马尼拉椰子、园叶轴榈、象鼻棕等；一些还是重要的经济作物如椰子、油棕、砂糖椰子和一些省藤属种类；另外有一些是原产中国，国家级珍稀濒危种类，如琼棕、矮琼棕、石山棕、毛花轴榈、龙棕等。 竹园 中国是竹子分布的中心之一，也是世界上竹类植物资源最丰富的国家，有不少属、种为中国特有。竹子的适应范围很广，多分布在南北回归线之间的热带、亚热带季风气候区的平原丘陵地带。广东是中国竹类资源最丰富的地区，深圳的气候条件非常适宜于竹类的生长和繁衍。竹区占地约2万平方米，区内引入华南、西南、湖北、湖南等地竹子60多种。如湘妃竹、人面竹、泰国暹罗竹、黄金碧玉竹、甜竹、麻竹等。 百果园 百果园建于1987年，面积约1公顷，分9个小区，主要收集有无患子科的荔枝和龙眼33个品种，芸香科的黄皮和柑橘类27个品种，蔷薇科的桃、梨、枇杷5个品种，以及其它10科16种的果树，是一个地方性的果树品种资源保存基地，也为社会提供了一个普及果树知识的场所。百果园位于庙区停车场下的山坡地到湖区公路边的广大区域，在庙区和湖区的公路旁都有入口。 沙漠植物区 沙漠植物区占地1万多平方米，以仙人掌及多肉植物为主，该类植物主要产于美洲和非洲。它们的形态奇特，品位高雅，种类繁多，有极高的观赏价值和经济用途，在国际上日益受到重视，已成为新一类室内盆栽植物。芦荟因其药用价值而被大量栽培。仙人掌类植物同兰花和苏铁类植物一样，被《濒危野生动植物国际贸易公约》列为重点保护对象。为了收集和培育这类植物，本园从1992年起建立了三个大型展览温室和三个生产温室，引进了1000多个种或品种，其中仙人掌科有40多个属600多种，芦荟科植物100多种，其它多肉植物有近20个科300多种。较为珍贵的种类有直径在80厘米以上的金琥，有高达6米，200年树龄的巨人柱以及拟态植物生石花等。 水生植物区 水生植物区位于美丽的仙湖西端，占地0.3公顷，始建于1983年，分为水生植物展览区和水生植物繁殖区，为仙湖植物园的水域提供水生花卉，提高观赏价值。
水生植物展览区即水景园，面积约0.3公顷，有楼台水榭和观赏水生植物，包括挺水植物、漂浮植物、沉水植物、浮叶植物。水景园随着气候季节交替，呈现不同外貌，以夏日观荷为主题，以水面为主，分布着红莲、白莲、洒锦。
水生植物繁殖区是水生植物培育繁殖、科学研究基地，建有荷花品种池400个，睡莲池50个，保存有从武汉、广州、南京等地引来的水生植物41科68属400种及品种。重点保存莲科、睡莲科植物，其中保存中山莲、大洒锦、冬红等荷花优良品种约200种。 弘法寺 弘法寺始建于1885年7月1日，位于仙湖植物园内，是1949年建国后后，国内兴建的首座寺院。1990年8月31日，经深圳市人民政府批准，弘法寺作为宗教活动场所对公众开放。从此成为深圳地区香火最为鼎盛、规模影响最大的佛教寺庙。 桫椤湖 桫椤湖是天上人间景区的一部分，水源是位于别有洞天的山泉，湖水从出水口经幽溪流入仙湖。
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